遥远时空中3:红之月是继『遥远时空中2』后又过了大约100年的异世界。主角春日望美是个普通的高中生少女,却因邂逅一名奇怪的少年,被选为『白龙的神子』,穿越时空移动到了正在展开源平之战的另一个世界。
主角在那里受到源氏军队的保护,并得知为了回到原来的世界,必须封印怨灵,提高龙神的力量。而制造与控制怨灵的正是平家,就这样,主角被卷入了与平家的战争。
统领平家的还内府,就是从黄泉归来的怨灵小松内府平重盛。由于敌将会控制怨灵,又富于智勇,源氏一次次陷入苦境。协助主角对抗平家的,是一群为了保护神子而被选中的名为『八叶』的男性。 随着故事的进展,主角会不断邂逅八叶,并让他们成为自己的同伴。通过共同战斗,克服数不清的危机,同伴之间的羁绊逐渐加深。然而,战乱,这一大时代的潮流,成为与思念的人结合的障害,甚至可能迎来悲哀的结局……
但即便如此,在故事中获得了穿越时空力量的主角仍然下定决心,要回溯到过去,改变悲剧的命运,救出同伴和重要的人……主角穿越时空,为实现这份恋情而展开的战斗,从这里才真正开始。