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准确的说，最初的御三家——德川家康所指定的是将军家、纪州家、尾张家。水户家则是世代作为副将军，负责弹劾将军的不正行为以及幕府与朝廷的沟通。将军家绝嗣时的由谁继承也是水户家决断的。但在后来的演变中水户家加入了御三家。