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皖南行署，是中华民国时期安徽省政府的地方派出机关。民国26年（1937年），抗日战争爆发之后，安徽省沿江重城芜湖、安庆相继失守，安徽省政府迁至六安县，后迁立煌县。由于省政府对皖南各县指挥不便，因此开始有设立皖南行署之议。民国27年（1938年）4月16日，皖南行政公署在休宁县屯溪镇（今黄山市屯溪区）正式成立。皖南行政公署秉承安徽省政府主席的命令，在所辖区域内执行一切政令，以安徽省政府主席名义行文，由行政公署主任副署。

行政公署设主任1人，在安徽省政府委员当中提请1人，由国民政府简派之，综理全署事务，监督所属职员及机关。皖南行政公署成立时，任命戴戟为行署主任，由于与李品仙等新桂系人物之间发生矛盾，后来被免职。民国29年（1940年）1月，黄绍耿接任行署主任，黄属桂系，对于皖南错纵复杂的局面难于应付，被免职。民国31年（1942年）1月正式任命张宗良为皖南行署主任，民国34年（1945年）抗战结束后，安徽省政府迁至合肥县，皖南行政公署已无存在的必要，因此于同年11月15日正式结束。

民国37年（1948年）12月4日，安徽省政府南迁怀宁县安庆城。省政府鉴于江北不少地区已入解放军之手，因应国共内战情势，决定重设皖南行政公署。因此在宣城正式成立，主任为张义纯，旋迁屯溪镇。民国38年（1949年）2月，张义纯任省政府主席。3月2日，皖南行政公署并入迁驻屯溪镇的安徽省政府。